Подготвувањето на дефектолошки кадри во Република Македонија во изминатите децении се одвиваше според ургентноста на потребите од вакви кадри со овозможување на поголема група вработени наставни кадри редовно да студираат дефектологија во другите републики на поранешна Југославија, со организирање посебни курсеви за оспособување на учители кои веќе работеа со ученици со лесна ментална ретардација при редовните основни училишта, со континуирано обезбедување стипендии за редовно студирање на дефектологија вон од нашата Република и со организирање центри за вонредно студирање во Македонија како истурени единици на Вишата дефектолошка школа и на Дефектолошкиот факултет од Белград. Последната форма на вакво потребно образование беше денешното организирање дефектолошки студии, односно Институт за дефектологија, на Филозофскиот факултет во Скопје. 

Подготовките за обезбедување на високообразовна институција во Република Македонија за оспособување на дефектолошки кадри започнаа при крајот на 1991 година од страна на Сојузот на дефектолозите на Македонија и Заедницата на инвалидските организации. Работна група изготви елаборат со предлог за отворање на дефектолошки студии на Скопскиот универзитет; елаборатот беше доставен до Владата на Република Македонија и до Ректоратот на Универзитетот “Св. Кирил и Методиј” во Скопје. Во елаборатот беа предвидени студии за два профила кадри: клинички дефектолог и дефектолог едукатор. Прифаќајќи го предлогот, Ректоратот на Универзитетот покрена постапка до Медицинскиот факултет во Скопје за оспособување на првиот профил и до Филозофскиот факултет во Скопје за оспособување на вториот профил на кадри. Медицинскиот факултет од објективни причини, пред сù кадровски, не го реализира предлогот и го остави да мирува до создавање на потребните услови, додека Филозофскиот факултет ја прифати иницијативата на Ректоратот и ги започна подготовките за отворање на дефектолошки студии.
По стручните разговори помеѓу претставниците на Филозофскиот факултет во Скопје, на чело со Деканот проф. д-р Трајан Гоцевски, и претставниците на Сојузот на дефектолозите на Македонија, на чело со проф. д-р Љупчо Ајдински, во тоа време професор на Дефектолошкиот факултет во Белград, како и со големото разбирање на тогашниот Ректор на Универзитетот д-р Томислав Чокревски и тогашниот Министер за образование д-р Димитар Бајалџиев - на 1 октомври 1993 година Советот на Универзитетот “Св. Кирил и Методиј” донесе одлука за отпочнување на дефектолошките студии на Филозофскиот факултет. Во почетокот студиите работеа како посебна насока на Институтот за педагогија на Филозофскиот факултет, а од 1996/97 година прераснаа во посебен Институт за дефектологија на Филозофскиот факултет во Скопје.

Четиригодишните студии по дефектологија се реализираат според посебен наставен план и програми, а завршените студентите се здобиваат со звањето дипломиран дефектолог. Овој стручен профил се оспособува да изведува рехабилитација и воспитно-образовен процес со деца со оштетен вид, со оштетен слух, со ментална ретардација и со телесна инвалидност во рехабилитациони установи и во посебни училишта. Исто така, профилот општ дефектолог се вклучува како член во стручните тимови на редовните детски градинки, основните и средните училишта, на здравствените и социјално-заштитните установи.

Од учебната 2004/5 година, Институтот за дефектологија, како и целиот Филозофски факултет во Скопје, работи според ЕКТС, поради што студиските и предметните програми беа посебни прилагодени. Овие измени доведоа и новина: од учебната 2006/7 година студентите по четвртиот семестар ќе можат да земат нова насока: Логопедија. Во наредните години, според нашите искуства, ќе се направи ревизија на студиските и предметните програми.

Исто така, наша определба е на Институтот за дефектологија, по можност, да се воведе девети семестар, во кој ќе биде организирана практичната настава и студентите ќе можат да спроведуваат истражувачки проекти.

Од учебната 1998/99 година Институтот за дефектологија на Филозофскиот факултет во Скопје започна да организира и последипломски студии. Досега на Институтот за дефектологија се одбранети 4 магистерски трудови, како и 3 докторски дисертации, а во блиска иднина очекуваме одбрана и другите пријавени тези.

Во изминатиот период Институтот за дефектологија се сретнуваше со голем број предизвикувачки проблеми што бараа успешно решавање, а ангажирањето на малиот, но секогаш со позитивна енергија исполнет колектив, успешно ги разрешуваше појавените прашања. Активностите беа свртени особено врз изготвувањето и донесување на наставни планови и програми, врз обезбедувањето наставен кадар за изведување на образовните цели и обврски, и врз обезбедувањето наставни бази за изведување на вежбите и на практичната настава.

Институтот за дефектологија организираше голем број стручни собири, кои секогаш беа подготвувани со актуелна тематика, а на нив настапуваа голем број стручни лица со свои стручно-научни трудови од земјата и од странство. Исто така, во изминатиот период членовите на стручниот тим на Институтот за дефектологија со свои трудови учествуваа на стручни собири во земјата и во странство и објавуваа свои трудови во домашни и во странски списанија.

Институтот за дефектологија беше иницијатор и за воспоставување и излегување на стручно-научното списание “Дефектолошка теорија и практика”, во кое членовите на стручниот тим на Институтот за дефектологија активно учествува со свои трудови. Од почетокот на излегувањето на списанието во 1997 година, Филозофскиот факултет во Скопје е еден од неговите издавачи.

Воспоставена е стручна соработка со дефектолошките и другите сродни факултети од Белград, Загреб, Љубљана, Софија, Благоевград, Шумен, Тузла, Рим и Москва. Изведени се и стручни екскурзии и посети со студенти и наставници на неколку универзитетски центри и специјални институции вон од земјата.

Институтот за дефектологија на Филозофскиот факултет во Скопје има воспоставено соработка со инвалидските организации, со специјалните установи, училишта и специјалните паралелки при редовните училишта, потоа со редовните детски градинки, основните и средните училишта, како и со надлежните државни органи од областа на здравството, образованието и социјалната заштита. Постоеше добра соработка и со медиумите и бројни настапи на членовите на Институтот за дефектологија на телевизијата, радиото и во печатот.

Институтот за дефектологија на Филозофскиот факултет во Скопје е вклучен и во повеќе домашни и европски проекти:

- Во фокус - една од главните цели, во првата фаза (2002-2005) на овој проект, беше промена на наставната програма и одредени програмски содржини на Институтот за дефектологија во функција на подобра едукација и рехабилитација на лицата со пречки во развојот. Проектот е организиран од ТЕМПУС-ФАРЕ програмата при Европската Комисија, а во него учествуваа Институтот за дефектологија на Филозофскиот факултет во Скопје и научни институции, специјални училишта и заводи од Холандија и Германија. Во тек е подготвувањето на втората фаза од овој проект. Координатор на проектот за Македонија проф. д-р Горан Ајдински.

- Едукативни и социјални активности со деца од Специјалниот завод во Демир Капија насочени кон деинституционализација - истражувачко-апликативен проект (2001-2005), финансиран од канцеларијата на УНИЦЕФ во земјава, а реализиран во партнерство со Министерството за труд и социјална политика. Координатор на проектот проф. д-р Ристо Петров.

- Серумски имуноглобулини и специфични алергени од храна кај лица со аутизам во Република Македонија - проект (2000-2003) во соработка со Институтот за имунобиологија и хумана генетика при Медицинскиот факултет во Скопје, финансиски поткрепен од Министерството за образование и наука на Република Македонија. Координатор на проектот проф. д-р Љупчо Ајдински.

- ХЛА-ДНК испитувања кај фамилии со аутизам во Република Македонија - проект (2001-2004) во соработка со Институтот за имунобиологија и хумана генетика при Медицинскиот факултет во Скопје, финансиски поткрепен од Министерството за образование и наука на Република Македонија. Координатор на проектот проф. д-р Драгослав Копачев.

- Проект за рано откривање и рана интервенција на децата со оштетен вид, во кој (1998-2000) Институтот за дефектологија беше партнер со две специјализирани установи за деца со оштетен вид (“Бартимеус” од Холандија и Завод за рехабилитација на деца и младинци со оштетен вид “Димитар Влахов” од Македонија).

Институтот за дефектологија на Филозофскиот факултет во Скопје учествуваше како партнер, заедно институтите и факултетите за специјална едукација од Бугарија, Велика Британија, Холандија, Шведска, Германија и Грција, во проект за соработка и размена на искуствата во високото образование на полето на специјалното образование. 
Институтот за дефектологија на Филозофскиот факултет во Скопје во своето 10-годишно постоење беше организатор на повеќе стручно-научни манифестации со национално и меѓународно учество: семинар „Основите на реедукација на психомоториката во развојниот период”, Филозофски факултет, Скопје, 1995; советување “Новини, искуства и тенденции во нормализацијата и интеграцијата на хендикепираните деца”, Струга, 1995; семинар „Аутизмот и другите детски психози”, Струга, 1995; Прв симпозиум за рана детекција, дијагностика, третман и предучилишно воспитание на децата со пречки во развојот (со меѓународно учество), Струга, 1996; I Студентски дефектолошки денови, Филозофски факултет, Скопје, 1999; Студентски дефектолошки семинар (со меѓународно учество), Охрид, 2000; “Децата со аутизам и нивниот третман”, Скопје, 2000; научна конференција: „10 години студии по дефектологија во Република Македонија”, Охрид, 2003.
Библиотеката на Институтот за дефектологија своите почетоци на работење ги започнува со основањето на Институтот за дефектологија во 1993 година. Првите четири учебни години библиотеката својата дејност ја обавува во рамките на Институтот за педагогија. Во 1997/98 Институтот за дефектологија се осамостојува, а со тоа и библиотека за дефектологија. 

Институтот за дефектологија на Филозофскиот факултет во Скопје располага со специјализирана библиотека, која поседува релативно богат фонд на стручна и научна литература од повеќе говорни подрачја. 

Библиотеката за дефектологија располага со 1.314 референцијални единици од домашни и странски автори. Библиотечниот фонд се збогатува со нови книги и списанија преку набавка и подароци. Филозофскиот факултет во Скопје секоја година одделува средства за набавка на литература, како домашна, така и странска, согласно со потребите на наставниот процес и на студентите. Во збогатувањето на библиотечниот фонд учествуваат и средства од проектите на кои работат членовите на Институтот за дефектологија.

Во семинарската просторија на Институтот за дефектологија е сместена компјутерска техника, која им овозможува на студентите бесплатна можност за користење на Интернет, e-mail, пишување на семинарски и дипломски работи и сл. Во библиотеката има 7 компјутери, 3 печатари, 2 скенери, 1 видеобим. Компјутерите се мрежно поврзани, како во локална мрежа Интранет, така и со Интернет.

На Институтот за дефектологија на Филозофскиот факултет во Скопје се вработени четворица наставници: проф. д-р Ристо Петров, проф. д-р Горан Ајдински, проф. д-р Зора Јачова и проф. д-р Владимир Трајковски, доцентите д-р Даниела Димитрова-Радојичиќ; д-р Зоран Киткањ; д-р Наташа Чичевска-Јованова;  и помлад асс. м-р Наташа Станојковска.

За потребите на додипломските и последипломските студии на Институтот за дефектологија, ангажирани се и наставници од другите институти на Филозофскиот факултет и од другите факултети, како и пензионирани професори од Институтот.