Иако е омилен меѓу католиците и некатолиците ширум светот, папата Францис уште од своето устоличување како поглавар, се бори против жестоките противници во естаблишментот на  Ватикан заради своите настојувања да ја воведе Римокатоличката црква во 21 век и да ја реформира.

Се чини дека работите ескалираа со оставката на Мери Колинс како член на комисијата што беше формирана од страна на Папата, за да ги истражи наводите за сексуално малтретирање на малолетници низ светот од страна на свештени лица. Колинс ја образложи оставката како чин на револт заради непопустливоста и одбивањето соработка на Римската курија – административниот апарат на Ватикан, телото што Папата сака да го реформира, пишува Гардијан.

Можеби најгласни негодувања и спротиставување кон Папата, предизвикаа неговата намера да се отвори дебата за бракот и разводите, хомосексуалните лица и семејството.

После два синоди на овие теми од 2014 и 2015, папата Францис го промовираше папскиот акт наречен Amoris Latetitia со кој всушност ги овластува бискупите на локално ниво да носат одлуки за разведените и повторно венчани лица, односно дали на истите ќе им се дозволи причесна.

Ова ги разбесна конзервативците. Тие објавија писмо до Папата од четворица кардинали, таканаречено Dubia или во превод „Сомнеж“, во кое изразуваат сомнеж и поставуваат прашања на кои Францис треба да одговори едноставно „да“ или „не“, без теолошки аргументации, со што го доведуваат во прашање неговиот авторитет, барајќи да се изјасни по овие теми. Меѓу нив се тројца пензионирани кардинали и кардиналот Рејмонд Берк, ултраконзервативниот американски адвокат за канонско право, кој дури му се закани на Папата со „официјална опомена“, доколку не одговори на ова писмо, каде се бара дециден став од поглаварот во смисла на традиционалното католичко учење.

Спорните точки кои ја вознемирија конзервативната струја во Ватикан се:

1.    Хомосексуалноста

На враќање од своето прво патување во странство 2013-та во Рио де Жанеиро, Францис изјави дека нема проблем со хомосексуалноста. „Кој сум јас да судам дали тие искрено го бараат Бог?“

2.    Причесна за разведените и повторно венчани лица

Во април 2016, Папата објави „апостолска егзортација“ во која изразува противење на „секое навестување на неправедна дискриминација“ засновано на сексуалната припадност, бракот и семејството. „Причесната не е награда за совршените“, истакна тој.

3.    Воспоставување ред во Куријата

Веднаш по неговиот избор во март 2013, Францис започна со реформирање на Римската Курија, со цел да ги среди финансиите и да рационализира поединечни одделенија во истата. Во декември минатата година, Папата ја обвини Куријата за малициозен и прикриен отпор кон реформите.

4.    Заштита на децата и скандалот со сексуално малтретирање на малолетниците

Папата Францис ја основаше Комисијата за заштита на малолетни лица под контрола на својот близок соработник, кардиналот Шон О´Мејли од Бостон. Во јуни 2015, Комисијата предложи основање на трибунал кој би ги повикувал на одговорност бискупите кои одбиваат да ги решат пријавените случаи за сексуална злоупотреба на деца. Иако Папата го одобри тоа барање, Конгрегацијата за доктрина на верата, со образложение дека постојат законски препреки, одби да го направи тоа, по што Комисијата прекина со својата работа.

5.    Мартин Лутер имаше исправни намери

Во октомври 2016 кога отпатува во Шведска, каде присуствуваше на одбележувањето на 500-годишнина од реформацијата, Папата во текот на службата во катедралата во Лунд му оддаде признание на Мартин Лутер, заради обновата и централизирањето на Светото писмо. „Во црквата владееја корупцијата, световноста, желбата за пари и моќ“, изјави тогаш Францис.

Некои конзервативци воопшто не беа воодушевени од неговото изразување екуменизам.