На 3 јануари 1889 година, Ниче доживеал ментален колапс. Откако предизвикал нарушување на јавниот ред низ улиците на Торино, му пришле двајца полицајци. Што се случило понатаму останува непознато, но често се прераскажува една анегдота дека Ниче забележал како некои луѓе малтретираат коњ на другата страна од плоштадот Карло Алберто, по што истрчал кон нив, застанал пред коњот за да го одбрани и за кратко се срушил на земјата.

Во текот на наредните денови, Ниче им испратил кратки записи, познати како Wahnzettel (во слоб. прев. „Писма на лудилото“), на неколку пријатели, вклучувајќи ги Козима Вагнер и Јакоб Буркхарт. Повеќето од нив имале потпис „Дионис“, а другиот дел „der Gekreuzigte“, што значи „Распнатиот“.

На Ниче му бил дијагностициран терциерен сифилис, во согласност со медицинската парадигма на тоа време. Претходно, тој напишал: „...супериорните луѓе кои имале нескротлива потреба да го отфрлат јаремот на секој вид моралност и да воспостават нови закони, немале избор освен да полудат или да се преправаат дека се луди.“ Набрзо дијагнозата терциерен сифилис била променета со дијагнозата „манично-депресивно заболување со периодични психози проследени со васкуларна деменција“.

Во 1898 и 1899 година, Ниче претрпе најмалку уште два удари што му предизвикале делумна парализа, поради што бил онеспособен да оди и да зборува. До 1899 година, тој страдал од клиничка хемипареза/хемиплегија на левата страна од неговото тело. Откако се разболел од пневмонија во средината на август 1900 година, во текот на ноќта меѓу 24 и 25 август доживеал уште еден удар, по што починал.

Елизабет Ниче го погребала покрај гробот на неговиот татко, во црквата Rocken bei Lutzen. Неговиот пријател и помошник, Гаст, одржал говор на неговиот погреб, испраќајќи го со зборовите: „Да се свети името твое во сите идни генерации!“